Il primo fabbricato ecclesiastico sorse in questa zona già nel XII sec., anche se edificio odierno è in stile barocco (1657–84). Dal 1949 al 1951, assegnato alla parrocchia, il futuro papa dimorò nella canonica ubicata dietro la chiesa. In poco tempo egli si fece conoscere come eccellente predicatore e ottimo confessore – fu d’aiuto il suo ruolo pastorale nell’ambito universitario, come organizzatore di messe per malati, misteri della Passione, incontri di Natale. Qui iniziarono le escursioni con la messa al campo. Soltanto una volta, durante il suo ultimo pellegrinaggio in patria compiuto nel 2002, papa Wojtyła visitò la parrocchia di Kleparz. Oggi vi sono apposte due targhe: all’interno della chiesa e nella stanza dei diaconi, dove visse.